2015年12月國務(wù)院辦公廳頒布《關(guān)于優(yōu)化學(xué)術(shù)環(huán)境的指導(dǎo)意見》指出，要著力構(gòu)建符合學(xué)術(shù)發(fā)展規(guī)律的科研管理、宏觀政策、學(xué)術(shù)民主、學(xué)術(shù)誠信和人才成長(zhǎng)環(huán)境。進(jìn)一步完善管理制度，特別是建立健全科研經(jīng)費(fèi)管理體系，激活科研經(jīng)費(fèi)的分配激勵(lì)功能，才能確保學(xué)術(shù)研究活力，真正釋放創(chuàng)新潛能。

　　科研經(jīng)費(fèi)預(yù)算體系。發(fā)達(dá)國家科研經(jīng)費(fèi)管理，非常重視科研經(jīng)費(fèi)申請(qǐng)的預(yù)算管理。比如美國的績(jī)效預(yù)算編制包括績(jī)、效、預(yù)算三要素。預(yù)算要與業(yè)績(jī)掛鉤，各部門在編制預(yù)算、提出支出要求時(shí)，必須制定5年戰(zhàn)略目標(biāo)和年度目標(biāo)，制定出一套能反映部門業(yè)績(jī)的績(jī)效指標(biāo)，并定期提供長(zhǎng)期戰(zhàn)略規(guī)劃、年度績(jī)效規(guī)劃以及年度績(jī)效成果報(bào)告等三種報(bào)告。我國高?？蒲性核鶎?duì)科研項(xiàng)目的經(jīng)費(fèi)預(yù)算不夠重視，在編制預(yù)算時(shí)存在許多問題，如預(yù)算不能真實(shí)反映項(xiàng)目成本、預(yù)算編制粗放、虛列經(jīng)費(fèi)支出項(xiàng)目等，成為科研經(jīng)費(fèi)支出不合理甚至違規(guī)使用的直接誘因。從主觀上講，是項(xiàng)目申報(bào)人員的態(tài)度不夠端正或?qū)?jīng)費(fèi)支出的判斷不夠精準(zhǔn)；從客觀上講，是國家對(duì)經(jīng)費(fèi)預(yù)算比例的限定不夠科學(xué)合理。我國對(duì)不同學(xué)科或同一學(xué)科不同研究課題，國家限定的經(jīng)費(fèi)預(yù)算比例是一樣的，而不同課題的不同經(jīng)費(fèi)支出比例可能相差巨大，這會(huì)導(dǎo)致本來合理的預(yù)算支出可能與現(xiàn)行的國家科研經(jīng)費(fèi)管理政策相矛盾，并產(chǎn)生“該花錢的地方不能報(bào)賬，能報(bào)賬的項(xiàng)目可以多開票報(bào)銷”或“有錢花不出”的現(xiàn)象。

　　科研經(jīng)費(fèi)科目體系。美英日發(fā)達(dá)國家均允許在經(jīng)費(fèi)預(yù)算中列支研究人員經(jīng)費(fèi)支出。這些國家一方面規(guī)定較高的人員費(fèi)用比例，如英國的人員費(fèi)用一般占項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)支出的52%，美國科研機(jī)構(gòu)的研發(fā)活動(dòng)一般實(shí)行項(xiàng)目制的管理模式，項(xiàng)目負(fù)責(zé)人在制定科研項(xiàng)目申請(qǐng)及預(yù)算之初就已將人員費(fèi)用、差旅費(fèi)以及學(xué)術(shù)交流活動(dòng)產(chǎn)生的費(fèi)用等囊括在科研項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)預(yù)算中，其中人員經(jīng)費(fèi)占總經(jīng)費(fèi)的33%。另一方面通過推行崗位薪酬制，保證科研人員在該國的平均收入水平處于比較靠前的位置。同時(shí)，這些發(fā)達(dá)國家還要求項(xiàng)目主持人在科研經(jīng)費(fèi)預(yù)算中對(duì)人員費(fèi)用進(jìn)行詳細(xì)說明，并接受期中檢查和事后審計(jì)，以杜絕從項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)中重復(fù)列支人員經(jīng)費(fèi)的現(xiàn)象。美國研究型大學(xué)秉承學(xué)術(shù)治理的原則，從鼓勵(lì)學(xué)術(shù)研究、規(guī)約學(xué)術(shù)治理的角度出發(fā)，結(jié)合大學(xué)科研活動(dòng)的基本規(guī)律，逐漸構(gòu)建起以學(xué)術(shù)為先導(dǎo)、恪守法律規(guī)約、講求科研誠信等內(nèi)容為特征的科研管理理念。我國的政府科研經(jīng)費(fèi)過于注重硬件設(shè)備投入，而忽視人力資源投入。當(dāng)前高?？蒲腥藛T大多只有工資性收入，知識(shí)和智力價(jià)值沒有得到充分的經(jīng)濟(jì)認(rèn)可，工資待遇不能反映其真實(shí)價(jià)值和貢獻(xiàn)。而盡職的高?？蒲腥藛T為了更快、更好地出成果，加班加點(diǎn)是家常便飯，甚至將整個(gè)假期都貢獻(xiàn)給科研工作。因此，現(xiàn)行科研經(jīng)費(fèi)管理模式下，科研人員的智力和時(shí)間投入很難得到補(bǔ)償。甚至?xí)?dǎo)致承擔(dān)項(xiàng)目越多，經(jīng)濟(jì)上越吃虧的現(xiàn)象，不僅挫傷了科研人員的積極性，也是導(dǎo)致經(jīng)費(fèi)報(bào)銷造假的深層次原因。

　　科研經(jīng)費(fèi)控制體系。國外科研經(jīng)費(fèi)的內(nèi)部監(jiān)管措施一般包括主任責(zé)任制、定期報(bào)告制、同行評(píng)議制、合同審查制等，美國對(duì)科技經(jīng)費(fèi)采取的監(jiān)督方式包括聽證制度、報(bào)告制度、備案制度、審計(jì)、調(diào)查、績(jī)效影響評(píng)估等；監(jiān)管范圍覆蓋前端的預(yù)算分配、中期的使用管理，以及后期的審計(jì)評(píng)估等。當(dāng)前我國高?？蒲薪?jīng)費(fèi)是一種綜合管理體制，這種體制下，由于科研主管部門主要負(fù)責(zé)項(xiàng)目申報(bào)與進(jìn)度管理，財(cái)務(wù)部門負(fù)責(zé)經(jīng)費(fèi)管理，導(dǎo)致部分高校的科研主管部門只注重多爭(zhēng)取項(xiàng)目和管理項(xiàng)目進(jìn)程，而對(duì)經(jīng)費(fèi)的使用情況和使用效果較少關(guān)注。同時(shí)，財(cái)務(wù)部門由于管理制度、人手不足等各種原因，加上部分高校科研部門和課題組客觀上存在“只要用在項(xiàng)目上不管什么費(fèi)用都應(yīng)該報(bào)銷”的思想，導(dǎo)致高校對(duì)經(jīng)費(fèi)使用控制不嚴(yán)，在一些高校的科研項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)中，有相當(dāng)比例是招待費(fèi)、日用品支出、辦公用品、禮品支出，甚至利用虛假發(fā)票套取科研經(jīng)費(fèi)等現(xiàn)象。

　　科研經(jīng)費(fèi)監(jiān)督體系。加強(qiáng)科研經(jīng)費(fèi)使用的信息披露。德國科研機(jī)構(gòu)的財(cái)務(wù)部門要定期編制通行的財(cái)務(wù)報(bào)表、披露相關(guān)會(huì)計(jì)信息，以便于接受社會(huì)各界的監(jiān)督與評(píng)價(jià)。我國現(xiàn)行的科研經(jīng)費(fèi)管理模式缺乏對(duì)科研經(jīng)費(fèi)執(zhí)行的有效監(jiān)控，缺乏項(xiàng)目執(zhí)行的信息反饋，多為事后控制懲處，不能及時(shí)發(fā)現(xiàn)風(fēng)險(xiǎn)，既成事實(shí)往往已經(jīng)造成相當(dāng)大且無法追回的損失，這既包括資金的損失，也包括人才的損失，效力較差。當(dāng)前，我國對(duì)高?？蒲薪?jīng)費(fèi)的監(jiān)督力度還不夠，基本沒有形成有效的多級(jí)監(jiān)督機(jī)制。課題負(fù)責(zé)人和掛靠單位都是利益相關(guān)方，學(xué)校雖有審計(jì)、監(jiān)察部門等專職監(jiān)督機(jī)構(gòu)，但往往因維護(hù)學(xué)校利益對(duì)科研經(jīng)費(fèi)使用起不到應(yīng)有的監(jiān)督作用，而代表國家的政府經(jīng)費(fèi)管理機(jī)構(gòu)因管理事務(wù)繁多也難以實(shí)施監(jiān)管。

　　科研經(jīng)費(fèi)管理程序。包括以下環(huán)節(jié)：項(xiàng)目招標(biāo)：科研項(xiàng)目面向全國科研機(jī)構(gòu)公開招標(biāo)；提交計(jì)劃：由項(xiàng)目負(fù)責(zé)人向主管部門提交實(shí)施步驟和各項(xiàng)預(yù)算的詳細(xì)計(jì)劃；簽訂合同：項(xiàng)目經(jīng)主管部門審查批準(zhǔn)后，簽署具有法律效應(yīng)的執(zhí)行合同；撥付經(jīng)費(fèi)：科研經(jīng)費(fèi)一般分2—3次撥放到項(xiàng)目負(fù)責(zé)人單位，由負(fù)責(zé)人單位的財(cái)務(wù)統(tǒng)一管理；執(zhí)行合同：項(xiàng)目負(fù)責(zé)人簽字支出經(jīng)費(fèi)，并定期向主管部門提交項(xiàng)目進(jìn)展和經(jīng)費(fèi)使用情況報(bào)告；評(píng)估審計(jì)：項(xiàng)目結(jié)題后，要對(duì)項(xiàng)目完成情況進(jìn)行評(píng)估，對(duì)經(jīng)費(fèi)支出進(jìn)行審計(jì)。評(píng)估和審計(jì)結(jié)果對(duì)項(xiàng)目負(fù)責(zé)人的后續(xù)項(xiàng)目有影響。為確保預(yù)算的執(zhí)行和提高經(jīng)費(fèi)的使用效率，防止經(jīng)費(fèi)的違規(guī)使用，要有相應(yīng)的監(jiān)督評(píng)估制度?？蒲腥藛T對(duì)經(jīng)費(fèi)使用應(yīng)該擁有一定的自主權(quán)，科研經(jīng)費(fèi)管理應(yīng)符合科研規(guī)律，不能以限制為目的。

　　科研經(jīng)費(fèi)改革的法律保障。首先，承認(rèn)科研人員的勞動(dòng)并給予符合市場(chǎng)價(jià)值規(guī)律的貨幣補(bǔ)償，政府應(yīng)真正做到尊重社會(huì)主義市場(chǎng)經(jīng)濟(jì)的分配原則和價(jià)值準(zhǔn)則。構(gòu)建智力資源資本化機(jī)制，重新評(píng)估科研人員和創(chuàng)新人才的價(jià)值，形成讓科研人員特別科學(xué)家和工程技術(shù)人員先富起來的社會(huì)機(jī)制，讓知識(shí)更好地轉(zhuǎn)化為財(cái)富。改革科研管理體制的第一步，應(yīng)允許科研人員獲得合理的勞務(wù)補(bǔ)償，這是貫徹“創(chuàng)新發(fā)展”當(dāng)務(wù)之急。其次，厘清科研經(jīng)費(fèi)使用制度方面法律關(guān)系不清晰的問題。把全部橫向課題納入民法上的承攬合同范疇，用發(fā)包人和承包人之間的法律關(guān)系規(guī)則規(guī)范當(dāng)事人之間的權(quán)利義務(wù)。課題來源、成果的完成、費(fèi)用支付完全采取市場(chǎng)方式，政府只能建立規(guī)則予以引導(dǎo)，而不能把將其納入國家項(xiàng)目范疇予以強(qiáng)制管理。再次，及時(shí)修改相關(guān)規(guī)則，改變不論是橫向課題還是縱向課題項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)均不許科研人員取得報(bào)酬規(guī)定的現(xiàn)狀，允許科研人員取得自己的勞動(dòng)報(bào)酬。最后，建立科研人員薪酬的國際比較與行業(yè)比較機(jī)制，根據(jù)實(shí)際貢獻(xiàn)適度提高他們制度性的收入保障。