一、《辦法》出臺的背景

　　為鼓勵科學研究和技術開發(fā)，減輕研發(fā)機構(gòu)研發(fā)成本，經(jīng)國務院批準，財政部會同商務部和稅務總局發(fā)布了91號公告，明確自2019年1月1日至2020年12月31日，繼續(xù)對研發(fā)機構(gòu)(包括內(nèi)資研發(fā)機構(gòu)和外資研發(fā)中心)采購國產(chǎn)設備全額退還增值稅，并規(guī)定具體退稅管理辦法由稅務總局會同財政部制定。為落實91號公告，便于研發(fā)機構(gòu)辦理采購國產(chǎn)設備退稅，經(jīng)商財政部，稅務總局出臺了《辦法》。

　　二、《辦法》的主要內(nèi)容解讀

　　(一)研發(fā)機構(gòu)和國產(chǎn)設備的具體范圍

　　辦理增值稅退稅的研發(fā)機構(gòu)和國產(chǎn)設備的具體范圍，按照91號公告第一條、第二條和第四條的規(guī)定執(zhí)行。

　　(二)研發(fā)機構(gòu)如何辦理采購國產(chǎn)設備退稅備案

　　適用采購國產(chǎn)設備退稅政策的研發(fā)機構(gòu)，應于首次申報采購國產(chǎn)設備增值稅退稅時辦理退稅備案手續(xù)。辦理手續(xù)時需要的相關資料包括研發(fā)機構(gòu)資質(zhì)證明資料、《出口退(免)稅備案表》等。需要提醒的是，《出口退(免)稅備案表》內(nèi)容填寫要真實、完整，其中，“企業(yè)類型”選擇“其他單位”，“出口退(免)稅管理類型”依據(jù)資質(zhì)證明材料填寫“內(nèi)資研發(fā)機構(gòu)(簡寫：內(nèi)資機構(gòu))”或“外資研發(fā)中心(簡寫：外資中心)”，其他欄次按填表說明填寫。

　　《辦法》下發(fā)前已辦理采購國產(chǎn)設備退稅備案的研發(fā)機構(gòu)，無需再次辦理備案。

　　(三)研發(fā)機構(gòu)如何辦理采購國產(chǎn)設備退稅備案的變更和撤回

　　1.如何辦理備案變更。已辦理備案的研發(fā)機構(gòu)，《出口退(免)稅備案表》中內(nèi)容發(fā)生變更的，須自變更之日起30日內(nèi)，持相關資料向主管稅務機關辦理備案變更。

　　2.如何辦理撤回。研發(fā)機構(gòu)發(fā)生解散、破產(chǎn)、撤銷以及其他依法應終止采購國產(chǎn)設備退稅事項的，應持相關資料向主管稅務機關辦理備案撤回。主管稅務機關應按規(guī)定結(jié)清退稅款后，辦理備案撤回。外資研發(fā)中心在退稅資格復審前，因自身條件發(fā)生變化，已不符合研發(fā)機構(gòu)的條件，應自條件變化之日起30日內(nèi)辦理退稅備案撤回。

　　(四)研發(fā)機構(gòu)如何進行退稅申報

　　研發(fā)機構(gòu)申報采購國產(chǎn)設備退稅時，需提交《購進自用貨物退稅申報表》、采購國產(chǎn)設備合同、增值稅專用發(fā)票或者增值稅普通發(fā)票等資料?？赊k理的退稅額，為增值稅發(fā)票上注明的稅額。

　　上述增值稅發(fā)票的具體要求：1.增值稅專用發(fā)票，在增值稅發(fā)票綜合服務平臺上線后，應當已通過增值稅發(fā)票綜合服務平臺確認用途為“用于出口退稅”;在增值稅發(fā)票綜合服務平臺上線前，應當已經(jīng)掃描認證通過，或者已通過增值稅發(fā)票選擇確認平臺勾選確認。2.增值稅普通發(fā)票，為開具時間為2019年1月1日至本公告發(fā)布之日前的增值稅普通發(fā)票[不含增值稅普通發(fā)票(卷票)]。

　　研發(fā)機構(gòu)采購國產(chǎn)設備取得的增值稅專用發(fā)票，已用于進項稅額抵扣的，不得申報退稅;已用于退稅的，不得用于進項稅額抵扣。

　　(五)研發(fā)機構(gòu)辦理退稅的申報期限

　　研發(fā)機構(gòu)采購國產(chǎn)設備退稅的申報期限，為采購之日次月起至次年4月30日前的各增值稅納稅申報期?？紤]到新冠肺炎疫情影響，2019年采購國產(chǎn)設備退稅的申報期限，延長至2020年8月31日前的各增值稅納稅申報期。

　　如果研發(fā)機構(gòu)未能在規(guī)定的期限內(nèi)申報退稅，根據(jù)《財政部 稅務總局關于明確國有農(nóng)用地出租等增值稅政策的公告》(2020年第2號)的規(guī)定，待研發(fā)機構(gòu)收齊憑證及信息后，仍可繼續(xù)申報辦理退稅。

　　(六)稅務機關如何審核辦理退稅

　　如果研發(fā)機構(gòu)屬于增值稅一般納稅人，稅務機關經(jīng)審核符合規(guī)定的，應按規(guī)定辦理退稅。如果研發(fā)機構(gòu)不是增值稅一般納稅人，或者雖然是增值稅一般納稅人、但使用增值稅普通發(fā)票申報退稅的，稅務機關須確認發(fā)票真實、發(fā)票所列設備已申報納稅后，方能辦理退稅。

　　(七)已退稅的國產(chǎn)設備轉(zhuǎn)移或移作他用如何處理

　　已辦理增值稅退稅的國產(chǎn)設備，自增值稅發(fā)票開具之日起3年內(nèi)，設備所有權(quán)轉(zhuǎn)移或移作他用的，研發(fā)機構(gòu)須按照規(guī)定向主管稅務機關補繳已退稅款。補繳已退稅款按以下方法計算：

　　應補繳稅款=增值稅發(fā)票上注明的稅額×(設備折余價值÷設備原值)

　　設備折余價值=增值稅發(fā)票上注明的金額-累計已提折舊

　　累計已提折舊按照企業(yè)所得稅法的有關規(guī)定計算。

　　(八)違法違規(guī)的處理

　　如果研發(fā)機構(gòu)騙取采購國產(chǎn)設備增值稅退稅的，主管稅務機關應追回已退稅款，并依照稅收征管法的有關規(guī)定處理。如果研發(fā)機構(gòu)涉及重大稅收違法失信案件被依法公布信息的，研發(fā)機構(gòu)將停止享受采購國產(chǎn)設備退稅政策，并應及時辦理退稅備案撤回。

　　三、執(zhí)行期限

　　根據(jù)91號公告規(guī)定，《辦法》的施行期限為2019年1月1日至2020年12月31日，以增值稅發(fā)票的開具日期為準。